Het NIBI organiseert jaarlijks in januari in samenwerking met hogescholen en universiteiten de onderwijsconferentie voor het voortgezet onderwijs waar afgelopen keer zo’n 500 leraren, opleiders, toa’s en vakdidactici op afkwamen. De conferentie wordt geroemd om zijn kwaliteit en gezelligheid. Het programma bestaat uit bijna vijftig workshops en lezingen. De lezingen worden door excelente biowetenschappers verzorgd. Voor de workshops worden professionals uit het veld uitgenodigd. Een commissie bestaande uit leraaropleiders en vakdidactici bewaakt de kwaliteit van het programma. Vrijdag 11 en zaterdag 12 januari vond de 27e conferentie plaats in Lunteren getiteld: Chaos in de klas.
Ook voor leerkrachten in het basisonderwijs organiseert het NIBI jaarlijks een conferentie. Ieder jaar staat in het teken van een thema. Aan het eind van de dag gaan leerkrachten voldaan, met goed gevulde maag en vol met praktische lesideeën en duurzame materialen naar huis. Dit jaar vindt de conferentie 'Afvalbak Aarde - van bananenschil tot kikkerbil' plaats op vrijdag 22 november 2013 in het conferentie centrum De Werelt in Lunteren.
Vrijdagmiddag 11 november 2011 organiseerde het NIBI bij de VU in Amsterdam de conferentie 'Matchmaking - Verbeter de match tussen bio-bedrijven en universitaire opleidingen'. Actief bij het bachelor en master onderwijs betrokken universitair (hoofd)docenten en hoogleraren en managers van bedrijven en instellingen die leiding geven aan net afgestudeerde BSc en MSc medewerkers maakten in workshops concrete afspraken over stages en over de inhoud van (de vrije ruimte van) het Bachelor-programma.